Năm 353, Mộ Dung Tuấn lập vợ mình, Khả Túc Hồn thị làm hoàng hậu và thế tử Mộ Dung Diệp (慕容瞱) làm Thái tử. Năm 354, Mộ Dung Tuấn tiếp tục phong cho nhiều thúc phụ, huynh đệ và hoàng nhi làm thân vương.

Năm 355, tức giận người anh em họ là Đoàn Kham (段龕), đang kiểm soát vùng nay là Sơn Đông và trên danh nghĩa là một chư hầu của nhà Tấn, đã viết một lá thư phản đối kịch liệt việc Mộ Dung Tuấn xưng đế, Mộ Dung Tuấn đã cử Mộ Dung Khác đi đánh người anh em họ. Năm 356, bất chấp việc kinh thành của Đoàn Kham là Quảng Cố (廣固, nay thuộc Thanh Châu, Sơn Đông) được phòng thủ vững chắc, Mộ Dung Khác đã cho vây thành, và sau khi quân của Đoàn Kham bị cạn nguồn lương thảo, ông ta đã buộc phải đầu hàng. Mộ Dung Tuấn ban đầu tha cho Đoàn Kham song không rõ vì sao ông đã cho hành quyết Đoàn Kham vào năm 357.

Cũng trong năm 356, thái tử Mộ Dung Diệp qua đời, và năm 357, Mộ Dung Tuấn lập Mộ Dung Vĩ làm thái tử.

Năm 357, Mộ Dung Tuấn dời đô từ Kế Thành đến Nghiệp Thành.

Năm 358, Mộ Dung Tuấn bắt đầu cho thực hiện một lệnh cưỡng bách tòng quân trên phạm vi lớn, theo đó mỗi hộ sẽ phải cử những đàn ông đủ điều kiện vào quân đội để đánh Tiền Tần và Tấn, song mỗi hộ được giữ lại một người đàn ông. Sau một thỉnh nguyện thư của Lưu Quý (劉貴), ông đã cho thu nhỏ lại việc này, theo đó trong 5 người đàn ông có khả năng phục dịch, 3 người sẽ phải tòng quân.

Đến năm 358, mối hận thù giữa Mộ Dung Tuấn và Mộ Dung Thùy lại bùng lên một lần nữa. Vợ của Mộ Dung Thùy là Đoàn Vương phi, do gia tộc của bà trước có vị thế bình đẳng với gia tộc Mộ Dung với tước hiệu Liêu Tây công, nên bà đã không kính cẩn với Khả Túc Hồn Hoàng hậu. Hoạn quan Niết Hạo (涅浩), đã vu cáo Đoàn Vương hậu và thuộc hạ của Mộ Dung Thùy là Cao Bật (高弼) tội dùng yêu thuật, với ý định kéo Mộ Dung Thùy vào vụ án. Tuy nhiên, mặc dù bị tra khảo, Đoàn Vương hậu và Cao Bật đã từ chối thừa nhận và Mộ Dung Thùy đã tránh được việc dính líu, song Đoàn Vương hậu đã chết trong tù. Mộ Dung Thùy bị đưa đi làm thứ sử của Bình Châu hẻo lánh (平州, nay là đông bộ Liêu Ninh).

Năm 359, quân Tấn dưới quyền Gia Cát Du (諸葛攸) và Tạ Vạn (謝萬) đãn tiến đánh Tiền Yên, song lại bị quân Tiền Yên đánh bại. Thắng lợi này đã cho phép Tiền Yên dần chiếm được khu vực nay là tỉnh Hà Nam, phía nam Hoàng Hà.

Đầu năm 360, Mộ Dung Tuấn lâm bệnh, ông nói với Mộ Dung Khác rằng, trong bối cảnh kình địch với Tiền Tần và Tấn, ông sẽ nhường ngôi cho Mộ Dung Khác, do người này đã trưởng thành và rất có tài, thay vì vị thái tử mới 10 tuổi là Mộ Dung Vĩ. Mộ Dung Khác đã từ chối, ông ta thuyết phục hoàng huynh rằng nếu ông ta có khả năng trị quốc, ông ta cũng có thể giúp vị hoàng đế trẻ tuổi. Sau đó, bệnh tình của ông tiến triển tốt hơn, và cùng với binh lính hội quân ở Nghiệp Thành, ông định lệnh cho Mộ Dung Khác và Dương Mâu (陽鞪) tiến hành một cuộc tấn công lớn chống Tấn, song ngay sau đó bệnh tình của ông lại trở nên nặng hơn. Ông sau đó triệu tập Mộ Dung Khác, Dương Mậu, Mộ Dung Bình, và Mộ Dung Căn (慕輿根) để ủy thác Thái tử cho họ. Ông qua đời ngay sau đó và Mộ Dung Vĩ lên kế vị.